উত্তরবঙ্গের যেক’টি পুজো অত্যন্ত প্রাচীন, তার মধ্যে অন্যতম হল বৈকুণ্ঠপুর রাজবাড়ির পুজো। এখানকার রীতি জন্মাষ্টমীর দিন কাঠামো পুজো। এখনও তার অন্যথা হয় না। এখানে দেবীর ভোগ হয় ইলিশ-চিতল-কাতলাতে। মায়ের পরনে কখনও আসাম সিল্ক, আবার কখনও বেনারসি শাড়ি। মা এ বাড়িতে রাজেন্দ্রাণী রূপে পূজিত হন। জানা যায়, কোচবিহার রাজপরিবারের সদস্য বিশ্ব সিংহ ও বৈকুণ্ঠপুর রাজবাড়ির সদস্য শিষ্য সিংহ, দু’জনে মিলে বৈকুণ্ঠপুরের রাজপরিবারের পুজো শুরু করেছিলেন। কথিত আছে, এই দুই রাজপরিবারের বংশধররাই বৈকুণ্ঠপুরের গহন জঙ্গলে মায়ের মাটির মূর্তি গড়ে দুর্গাপুজো শুরু করেছিলেন। এখানে মায়ের রূপ ভগবতী। বৈকুণ্ঠপুর রাজবাড়ির দুর্গাপুজো পাঁচশো বছরেরও বেশি পুরনো। চলতি বছরে তা ৫১১ বছরে পড়ছে। কথিত আছে, এই পুজো শুরু হয়েছিল পরিবারের কোনও এক সদস্যকে দেবীর উদ্দেশে নরবলি দিয়ে। দেবীকে উৎসর্গ করা সেই রক্তে হয়েছিল পুজো। মানুষের রক্ত দিয়ে রাজপরিবারের দুর্গাপুজোর সূচনা হয়েছিল বলে আজও বৈকুণ্ঠপুর রাজবাড়ির প্রতিমার রং তপ্তকাঞ্চনের মতো। দেবী দুর্গার পাশে তাঁর সন্তানসন্ততি ছাড়াও ব্রহ্মা, বিষ্ণু, মহেশ্বর, মা মহামায়া ও জয়া-বিজয়ার বিগ্রহ রয়েছে। পুজোর শেষে রাজপরিবারের সদস্যরা কেউই প্রতিমা নিরঞ্জন চাক্ষুষ করেন না।